ЦПИ «Атис», в своей деятельности, при проведении психофизиологических исследований основывается на принципах законности, соблюдения прав и свобод человека, и гражданина, а также независимости специалиста, проводящего СПФИ, объективности, всесторонности и полноты исследований, проводимых с использованием современных достижений науки и техники.
Процедура проведения психофизиологических исследований с применением полиграфа осуществляется с соблюдением принципов гласности и добровольности, которые выражаются в заблаговременном уведомлении обследуемого лица о возможности, сроках,целях и порядке проведения СПФИ, предусматривающем, в частности, добровольное выражение согласия на прохождение СПФИ исследуемым. В соответствии с действующим законодательством Российской Федерации прохождение процедуры проверки на полиграфе является исключительно добровольным, никто не может быть принужден к прохождению исследования.
Вопросы, которые задает полиграфолог, могут касаться не только чисто деловых качеств, рабочих обязанностей и деталей расследуемого события но и некоторых сторон личности исследуемого. При этом гарантировано отсутствие вопросов сексуальных наклонностей, политических взглядов и вероисповедания.